机关与直属单位党委于2025年6月成立（党发﹝2025﹞46号），在学校党委的领导下负责组织、规划、指导机关各单位开展党的建设工作等。

2025年6月13日，党发﹝2025﹞46号通知：

1.同意成立中国共产党南京信息工程大学机关与直属单位委员会

2.撤销中国共产党南京信息工程大学机关与直属单位工作委员会

2022年10月12日，党发﹝2022﹞59号通知：

1.成立中国共产党南京信息工程大学机关与直属单位工作委员会，与党委组织部合署

2.撤销中国共产党南京信息工程大学机关委员会

3.撤销中国共产党南京信息工程大学直属单位委员会

2019年4月12日，党发﹝2019﹞17号通知：

1.成立中共南京信息工程大学机关委员会，挂靠党委组织部

2.成立中共南京信息工程大学直属单位委员会，挂靠图书馆

3.撤销中共南京信息工程大学联合第一总支部委员会

4.撤销中共南京信息工程大学联合第二总支部委员会

5.撤销中共南京信息工程大学联合第三总支部委员会

6.撤销中共南京信息工程大学联合第四总支部委员会

7.撤销中共南京信息工程大学联合第五总支部委员会

8.撤销中共南京信息工程大学大气与环境实验教学中心直属支部委员会